司法鑒定隨著我國訴訟結構的調整和價值取向的轉變，不再僅僅表現為科學技術問題，也遠遠超出證據獲取手段的范疇，它的公正性要求和中立性價值已被法學界及社會各界所關注。實踐中存在的諸多問題歸結到一點就是：現行司法鑒定體制難以保障鑒定結論的客觀性、公正性、科學性、可靠性，并進而影響司法裁判的可接受性。因此，需要通過改革司法鑒定體制，消除或緩解司法活動中所面臨的現實矛盾，促進科技證明方法的良好運用，增強司法機關裁決的可接受性。
我國的司法鑒定制度的改革遵循了三個原則：一是司法鑒定制度改革應與審判體制改革相適應， 司法程序公正所包含的獨立性、中立性、公開性等原則也是司法鑒定活動應遵循的原則。二是司法鑒定制度改革應與證據法律制度相協調。從鑒定意見的證據屬性出發，既要賦予法官對鑒定意見的自由裁量權，又要對司法鑒定制度進行規范，任何鑒定意見都必須經過舉證、質證、認證三個環節，方可采信。三是司法鑒定制度改革應當與司法體制改革相一致。推進司法體制改革，改革司法機關的工作機制，逐步實現司法審判和檢察同司法行政事務相分離。這是司法鑒定立法的基本出發點和根本方向。
從妥善解決司法鑒定管理工作中存在的問題出發，從完善和統一我國司法鑒定制度的角度考慮，經過大量調查研究，在征詢最高人民法院、最高人民檢察院、公安部、國家安全部、司法部和專家學者意見的基礎上，2005年2月28日在第十屆全國人大常委會第十四會議上審議通過了《全國人民代表大會常務委員會關于司法鑒定管理問題的決定》。這一法律的通過具有十分重要的意義：(1)加強對鑒定人和鑒定機構的管理。鑒定意見在現代訴訟中所起的作用越來越大，是協助法官分析、判斷和審查證據材料，形成內心確認的重要助手，特別是隨著社會經濟發展和科學技術的進步， 以及司法體制的改革，我們的糾問式審判機制必然向對抗式審判機制轉變，將由法官憑借自己的法律知識、審判經驗以及實踐能力對證據和事實作出獨立判斷，這樣其對證據的依賴會進一步加強，特別是鑒定意見。而目前存在于鑒定人和鑒定機構中的多頭鑒定、重復鑒定現象顯然已不適應我國訴訟體制的改革， 因此，必須加強對鑒定人和鑒定機構的改革，使其保證公正、獨立和科學地出具鑒定意見，為訴訟服務。(2)適應司法機關和公民、組織進行訴訟的需要。隨著公民法律意識的逐步增強，通過訴訟途徑解決糾紛越來越成為人們的重要選擇，出于“誰主張誰舉證”的要求，在許多情況下，人們的訴訟主張需要得到鑒定人和鑒定機構的支持，如房屋內甲醛含量的鑒定、噪音的鑒定等，早已經超出了傳統司法鑒定的范圍，但我國目前司法鑒定領域內出現的鑒定行政化、鑒定亂收費、鑒定人責任制形同虛設的現狀很難切實維護當事人的合法權益。本法的制定適應公民、組織維護自身的合法權益的法律需求。 (3)保障訴訟活動的順利進行。訴訟是國家權力的重要體現，而保障訴訟活動的順利進行是立法的根本出發點和立法宗旨。而原有的司法鑒定管理模式所產生的自偵自鑒、 自檢自鑒、 自審自鑒等現象，顯然不利于訴訟活動的順利進行，并且有損司法公正、公平。這種現象在三大訴訟領域都有不同程度的體現，并嚴重侵害了當事人的合法權益。完善我國的司法體制，保障訴訟活動的順利進行是司法體制改革的重要內容，也是執政為民思想的重要體現， 因此本法的制定旨在完善我國的司法鑒定管理體制，以維護當事人的合法權益和保障訴訟活動的順利進行。
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